Trama: Nel volume 1 Shinji Ikari frequenta l’Accademia della Nerv e la sua vita trascorre tranquilla ma alquanto noiosa. Una notte, però, nei pressi di un distributore automatico, vede Rei Ayanami e un altro ragazzo mai visto prima fuggire dalla scena di una violenta esplosione. Ma la cosa più sorprendente è che il ragazzo sconosciuto se lo ritroverà il giorno dopo come compagno di classe alla nerv. Il suo nome è Kaworu Nagisa e Shinji cercherà di scoprire quale mistero lo lega a Rei. Ma ben presto si troverà coinvolto nella lotta contro gli Angeli, al fianco di Rei, Asuka e il misterioso Kaworu. Inizia una nuova serie legata al mito di Neon Genesis Evangelion.

Volume 2: Dopo essersi impossessato di un Eva, Shinji Ikari decide di combattere contro gli Angeli. Ma il ragazzo, dopo aver assistito a una conversazione tra Kaworu Nagisa e Rei Ayanami, comincia a nutrire dubbi su se stesso. Teme infatti di essere un intralcio per i suoi amici, qualora decida di unirsi a loro. È proprio allora che Kaworu va in visita a casa di Shinji; e i segreti di Kaworu vengono così alla luce. Il secondo episodio della nuova saga scolastica legata al mito di NEON GENESIS EVANGELION.

Volume 3: Accompagnato da Asuka, Shinji si reca da Misato Katsuragi. Il ragazzo viene condotto al quartier generale della Nerv, collegato ai sotterranei della chiesa della sua scuola, e lì si trova davanti uno spettacolo incredibile: suo padre Gendo, che teoricamente dovrebbe essere scomparso, è proprio lì, davanti ai suoi occhi.