Nato, come secondo figlio di cinque, a Katsushika, uno dei quartieri speciali di Tokyo nel 1937. La data di nascita registrata sui documenti ufficiali riporta il 30 ottobre, ma in realtà nasce nel mese di aprile.
I suoi primi anni di vita li trascorre sull'isola Izu Ōshima. Ichiro, il padre, è un celebre cuoco di un ristorante locale, Masu, la madre lavorava inizialmente come cameriera. Nel 1941 la famiglia si trasferisce a Ōhara, una cittadina nella prefettura di Chiba, poi unitasi ad altra realtà urbana creando la città odierna di Isumi, luogo natale della madre. Il padre continua la sua attività di cuoco a Tokyo.
La famiglia vive un periodo economico florido, la madre si adatta alle stagioni per il commercio del cibo. Il giovane Tsuge viene iscritto all'asilo, ma l'esperienza dura solo pochi giorni. Nello stesso anno il padre si ammala gravemente e viene ricoverato all'ospedale dell'Università di Tokyo. Le sue condizioni peggiorano, malato del morbo di Addison perde la vita l'anno successivo. Le condizioni economiche familiari peggiorano improvvisamente venendo a mancare il padre. La famiglia si trasferisce a Tateishi dove la madre trova un nuovo impego presso un industria locale. Nel 1944 comincia a frequentare la scuola elementare dove inizia ad apprezzare l'arte del disegno. Gli istituti scolastici vengono frequentemente chiusi per via dei bombardamenti aerei. Lo stesso Tsuge in un'occasione riporta lievi ferite per le conseguenze di uno di questi attacchi.
Il suo più grande sollievo di quel periodo è il poter visitare le terme. Nel 1946 la madre si risposa; alle difficoltà del periodo storico si aggiungono quelle familiari, non andando d'accordo con il patrigno e temendo possibili maltrattamenti. In quarta elementare si appassiona ai manga di Osamu Tezuka e successivamente a quelli di Fukujirō Yokoi. Le precarie condizioni economiche in cui versa la famiglia non gli permettono di comprarli, preferendo privarsi dei suoi giocattoli, venduti a un negozio, per poterli ottenere. La madre cerca di reagire di fronte a questa situazione e nel 1947 gestisce un bar di fronte alla stazione di Tateishi, attività poi chiusa nel giro di pochi mesi. Dal secondo matrimonio nascono intanto gli ultimi due figli. Nel 1948 occupano una parte di un edificio fatiscente vicino alla stazione di Tateishi. Contando il nonno la famiglia è composta da 8 persone e non potevano permettersi un alloggio. Yoshiharu, per contribuire in parte, si allontana dalla scuola per diverso tempo.
Tornato a scuola, stringe amicizia con un compagno. I due si promettono di diventare marinai, si frequentano anche al di fuori dell'ambiente scolastico. Al termine della scuola il suo amico prosegue negli studi e il giovane Yoshiharu deve fare i conti con la realtà e cercare un lavoro. Come operario in una fabbrica è in continuo contatto con sostanze pericolose, in questa circostanza le sue fobie gli ritornano utili.
A 14 anni prova una prima volta a imbarcarsi come clandestino in una nave nel porto di Yokohama, venendo scoperto da un marinaio. Il tentativo viene poi ripetuto l'anno seguente, nel 1952. Questa volta l'imbarcazione è diretta a New York. Dopo essere stato scoperto per una sua ingenuità, viene affidato alla guardia costiera. Nell'autunno del suo sedicesimo anno visita con il fratello Tezuka, il suo grande idolo. Durante l'incontro il giovane Yoshiharu chiede esplicitamente se con l'attività di autore di manga si potesse guadagnare abbastanza; la sua intenzione è chiara.
A 16 anni inizia a disegnare senza lasciare il suo lavoro principale di operaio. Lavora per piccole librerie a noleggio, attività tipica dell'epoca. Debutta nell'ottobre del 1954 con due brevi opere. Si convince di poter riuscire a vivere con questo impiego. Contro il parere della madre decide di abbandonare il lavoro, visita numerose case editrici con i suoi lavori venendo accettato dalla Wakagi Shobo. Diventa amico di vari autori come Shinji Nagashima, Masaharu Endō e Fujio Akatsuka. Crea principalmente drammi misteriosi, gialli e polizieschi fino al primo blocco creativo del 1956, quando, all'età di diciannove anni si trasferisce nella città di Takadanobaba. Talmente timido da non voler più incontrare la propria famiglia, da tempo affetto da eritrofobia, l'ansia sociale lo limita nelle relazioni.
Cambia continuamente dimora: nel 1957 si trasferisce in una pensione a Kinshicho e poi dalla sua fidanzata per un breve lasso temporale, La loro relazione termina vista la forte opposizione dei genitori della giovane. Trascura il lavoro e cerca di vendere il suo sangue. Negli anni successivi riprende a pubblicare diverse opere, nel 1960 conosce una giovane e iniziano a vivere insieme in un appartamento a Otsuka. Gli viene affidata la direzione della rivista Meiro della casa editrice Wakagi Shobo. In questo periodo incontra per la prima volta Sanpei Shirato.
Nel 1961 una nuova crisi lo colpisce: sfrattato dal suo appartamento, il suo fidanzamento termina a causa dell'infedeltà della donna. Torna al suo vecchio alloggio a Kinshicho dove conduce una vita in estrema povertà. L'anno successivo, nel 1962, tenta il suicidio ingerendo una grande quantità di sonniferi. Trasportato d'urgenza in ospedale riesce a salvarsi. Nel 1963 torna a creare manga trovando difficile adattarsi ai cambiamenti dell'epoca, nonostante il suo alto compenso: per un manoscritto viene pagato 30.000 yen. Katsuichi Nagai, fondatore della rivista Garo, lo contatta convincendolo a lavorare per la sua rivista, concedendogli ampia libertà editoriale. Dal mese di agosto del 1965 al 1970 pubblica un totale di 22 manga sulla rivista.
In questo lasso temporale pubblica "The Swamp". L'opera non viene accolta favorevolmente dal pubblico dell'epoca causando nell'autore un nuovo stato depressivo. Per smuoverlo diventa assistente di Shigeru Mizuki. Per un lungo lasso di tempo il suo carico di lavoro, tra quello di assistente e autonomo, aumenta fino a soffrire di tendinite. Tra il 1966 e il 1976 effettua innumerevoli viaggi in tutto il Giappone, soffermandosi principalmente nel piccoli villaggi, le zone più inabitate e meno famose al pubblico da cui trae ispirazione per alcune sue storie. Di diverso stampo, "Nejishiki" (1968), altro suo celebre lavoro. La storia nasce da un sogno fatto dall'autore e viene pubblicata di fretta visto l'avvicinarsi della scadenza. Sogna un amore duraturo ottenendo solo brevi fughe d'amore, come quella avuta con un'infermiera con la quale aveva intrattenuto una breve corrispondenza.
Nel 1969 incontra Fujiwara Maki con cui va a convivere a Chōfu. Dopo aver trovato il successo con la rivista Garo si sente svuotato nella sua creatività, decidendo di abbandonare definitivamente la rivista dopo aver pubblicato "Yanagiya Shujin" 1970. Cerca di lasciare la carriera da autore di manga aprendo una caffetteria, ma rimane solo una strada mai percorsa. Dopo la nascita di Shosuke avvenuta il 19 novembre 1975 si sposa con la sua fidanzata nel mese successivo.
Il 3 aprile del 1976 un adattamento di 70 minuti della sua opera Akai Hana viene trasmessa sulla rete televisiva NHK. Torna a ideare manga per diversi anni, tra cui "Yoshio no Seishun", opera di grande successo con una prima tiratura di 40.000 copie esaurite in poco tempo. In quei tempi soffre di attacchi di panico e quando, il 10 giugno 1977, viene diagnosticato a sua moglie un cancro all'utero, le sue condizioni psicologiche peggiorano.
Dopo l'operazione della moglie, Tsuge si trasferisce a Noda, vicino a suo fratello. Fisicamente provato, frequenta una clinica psichiatrica per cinque anni. Deciso, nel 1981, nuovamente ad abbandonare la carriera di autore di manga, prova diversi lavori tra cui quello di scrittore. Utilizzando come materiale fatti personali entra in un profondo disaccordo con la moglie.
Nel 1984 pubblica "Sanpo no hibi". Hiroshi Yaku, redattore di riviste su cui Tsuge aveva lavorato in precedenza, crea la nuova rivista Comic Baku proprio con l'intenzione di pubblicare i successivi lavori di Tsuge, iniziando una collaborazione. Nel 1985 pubblica "Munou no Hito" (L'uomo senza talento), altra opera di grande successo.
Si ritira definitivamente nel 1987, dedicandosi successivamente ai vari adattamenti cinematografici delle sue opere. La sua instabilità emotiva si riflette anche sul corpo. Operato di appendicite nel 1990, soffre di numerosi disturbi. Il 1999 è un anno difficile per lui, a gennaio muore la madre e a febbraio la moglie. Nel corso degli anni riceve numerosi riconoscimenti venendo nominato alla Japan Art Academy.
Come comunica la famiglia, le sue condizioni peggiorano nel mese di settembre del 2025. Muore il 3 marzo del 2026, in un ospedale a Tokyo, all'età di 88 anni.
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